RUI NUNES é Médico, sendo o primeiro Doutorado na área da Bioética em Portugal, e obteve o Título de Agregado em Sociologia Médica e o Título de Agregado em Bioética na Faculdade de Medicina da Universidade do Porto (FMUP).
É Professor Catedrático da FMUP e Consultor da Carreira Médica Hospitalar. É Diretor do Programa Doutoral em Bioética e do Programa Doutoral em Cuidados Paliativos.
É membro do Conselho Médico-Legal (Ministério da Justiça), membro da Comissão de Ética do Instituto Nacional de Medicina Legal, e foi avaliador do Centro de Estudos Judiciários.
É Diretor da Cátedra Internacional de Bioética (International Chair in Bioethics - ICB)
É Presidente da Comissão de Ética da FMUP. É Académico Titular da Academia Nacional de Medicina de Portugal. Foi membro do Conselho Geral do Instituto Politécnico do Porto.
Foi Diretor da Escola Superior de Tecnologias da Saúde do Porto, e primeiro Presidente da Entidade Reguladora da Saúde.
Foi membro da direção da International Society on Priorities in Health Care e da European Health Management Association.
Foi Administrador da Fundação Ciência e Desenvolvimento.
Publicou 29 livros sobre temas relacionados com a bioética, a saúde, a cultura e a sociedade de que se salientam as obras em Regulação da Saúde, Testamento Vital, GeneÉtica e Healthcare as a Universal Human Right.